Trò chơi Kiểm dịch người ngoài hành tinh diễn ra trên lãnh thổ của một phòng thí nghiệm bí mật, nơi các thí nghiệm được thực hiện trên các sinh vật ngoài hành tinh bị bắt. Một trong những người ngoài hành tinh đã trốn thoát được, anh ta giải thoát những người khác và sự hỗn loạn thực sự bắt đầu trong phòng thí nghiệm. Người anh hùng của trò chơi Alien Quarantine được cử đi trinh sát nhưng phải đối mặt với một kẻ thù nguy hiểm. Anh ta cần khôi phục lại hệ thống an ninh để ngăn chặn quái vật đột nhập vào các khu vực khác. Để làm điều này, bạn cần kích hoạt một số thiết bị, di chuyển và bắn, né tránh các cuộc tấn công của người ngoài hành tinh.
