Ngay khi vi khuẩn hoặc vi rút có hại xâm nhập vào cơ thể, các tế bào đặc biệt bắt đầu tiến hành một cuộc chiến không thể hòa giải chống lại nó. Nếu có nhiều vi khuẩn hơn và tế bào không thể đối phó được thì chúng cần sự trợ giúp từ bên ngoài. Trong trò chơi Bầy vi khuẩn, bạn sẽ giúp đỡ một tế bào được tạo ra nhân tạo được đưa vào cơ thể sống để nó có thể giúp nó đối phó với nhiễm trùng. Điều khiển ô, nó sẽ tự động bắn vào tất cả đội hình kẻ địch cố gắng tiêu diệt nó. Đôi khi, bạn sẽ phải lựa chọn nâng cấp trong Bầy vi khuẩn.
