Câu đố số Jelly Links thách thức bạn tạo kết nối giữa các nút thạch ở mỗi cấp độ. Một số nút có số, trong khi số còn lại có màu xám kèm dấu chấm hỏi. Bạn phải bấm vào các phần tử màu xám để chọn số dựa trên luật chơi. Nó nói rằng không được có hai số giống nhau trong một hàng hoặc cột. Bạn chỉ có thể thay đổi các con số ở các nút màu xám, còn lại là cố định và không thể thay đổi trong Jelly Links. Các cấp độ trong game sẽ dần trở nên khó hơn, diện tích sân sẽ tăng lên và sẽ có nhiều nút hơn.
