Trò chơi bắn bong bóng cổ điển trong trò chơi Bubble Invasion 3D sẽ được chuyển vào không gian ba chiều và các bong bóng sẽ biến thành những quả bóng nhiều màu. Chúng tiến lên một cách ngấm ngầm từ trên cao và nhiệm vụ của bạn là hạ gục những quả bóng bằng cách bắn những quả bóng giống nhau vào chúng. Để thực hiện cú hạ gục, bạn cần phóng quả bóng đến nơi bạn có thể tạo thành một nhóm gồm ba quả bóng cùng màu trở lên. Cả nhóm sẽ rơi xuống và sẽ có ít quả bóng ở phía trên hơn. Để vượt qua một cấp độ, bạn cần bắn hạ một số quả bóng nhất định có màu cụ thể trong Bubble Invasion 3D.
