Sonic có cơ hội đối phó với kẻ thù cũ Knuckles. Nhím xanh nhận được thông tin bất ngờ về vị trí của đối thủ và có ý định tới đó. Cùng với người bạn và trợ lý Tails, các anh hùng sẽ đến đảo bằng máy bay. Sau khi hạ cánh, họ sẽ gặp Knuckles nhưng anh ta sẽ nhanh chóng biến mất. Bạn phải giúp Sonic và bạn của anh ấy đuổi theo kẻ ác. Anh ta đặt rất nhiều bẫy trên đảo để không ai có thể đuổi kịp, nhưng Sonic không thể bị ngăn cản và bạn sẽ kiểm soát chặt chẽ chuyển động của anh hùng, ngăn anh ta lao vào những chiếc gai nhọn. Hãy thu thập những chiếc nhẫn, chúng sẽ luôn hữu ích cho anh hùng trong Sonic 3 & Knuckles.