Trong phần 2 của game Ninja Hands 2, bạn sẽ tiếp tục trợ giúp cuộc chiến ninja của mình chống lại nhiều đối thủ khác nhau muốn giết anh ta. Máy bay chiến đấu của bạn sẽ hiển thị trên màn hình trước mặt bạn, người sẽ ở một vị trí nhất định. Kẻ thù sẽ ở một khoảng cách với anh ta. Ở góc dưới bên phải sẽ có một bảng điều khiển đặc biệt với các biểu tượng. Bằng cách nhấp vào chúng, bạn có thể buộc anh hùng thực hiện một số hành động nhất định. Bạn sẽ phải tấn công đối thủ và sử dụng kỹ năng chiến đấu của mình để tiêu diệt kẻ thù. Đối với điều này, bạn sẽ được cộng điểm trong trò chơi Ninja Hands 2.