Mario không hào hứng với Halloween, vì thông thường vào thời điểm này, tất cả các linh hồn xấu xa đều được kích hoạt trong Vương quốc Nấm rộng lớn và Bowser thả tất cả tay sai của mình để gây náo loạn. Trong Super Mario Flash Halloween Version, bạn sẽ giúp Mario tìm ra tất cả những kẻ ác và kết liễu chúng bằng cách nhảy từ trên cao xuống. Tất cả bạn bè của anh hùng và thậm chí cả anh trai của Luigi đều trốn ở nhà và không thò mũi ra ngoài, chỉ có người thợ sửa ống nước dũng cảm là không sợ ai. Và có một lý do cho điều này - chính bạn, người chơi nhanh nhẹn, sẽ điều khiển anh hùng và không để anh ta mắc sai lầm trong Super Mario Flash Halloween Version.