Các ninja dũng cảm của Kyoto, theo chỉ thị của người đứng đầu mệnh lệnh của mình, phải đến Vùng đất bóng tối và tìm các cổ vật ở đó. Bạn trong game Ninja vs Zombies sẽ cùng anh tham gia vào cuộc phiêu lưu này. Anh hùng của bạn sẽ cần phải đi qua nhiều địa điểm và vượt qua nhiều nguy hiểm khác nhau. Hàng đàn thây ma lang thang khắp các địa điểm mà anh hùng của bạn sẽ phải chiến đấu. Tham gia trận chiến với họ, anh hùng sẽ sử dụng nhiều loại vũ khí khác nhau. Tiêu diệt những xác sống bạn sẽ kiếm được điểm, và bạn cũng có thể thu thập những chiến lợi phẩm rơi ra từ chúng. Với số điểm nhận được, bạn có thể mua nhiều loại vũ khí và đạn dược cho nhân vật của mình trong cửa hàng trò chơi.
