Trò chơi AtomLinker có thể diễn ra trong thời gian ngắn hoặc có thể kéo dài vô tận. Tất cả phụ thuộc vào sự chú ý và khéo léo của bạn. Sân chơi tràn ngập các ô vuông có tên các nguyên tố hóa học. Kết nối chúng thành chuỗi gồm ba hoặc nhiều chuỗi giống hệt nhau. Ban đầu, bạn sẽ có 25 giây thời gian để chơi, nhưng nếu bạn có thể tạo chuỗi gồm bốn phần tử trở lên, thời gian sẽ được cộng thêm. Đừng rời mắt khỏi sân chơi để không bỏ lỡ chuỗi tiếp theo. Sau khi xóa các phần tử, bố cục ô xếp sẽ thay đổi trong AtomLinker.
