Các câu đố trong Brain Line Connect sẽ khiến bạn phải suy đoán khi phải đối mặt với những nhiệm vụ ngày càng khó khăn. Các yếu tố của trò chơi là những điểm mà bạn sẽ kết nối, có tính đến các chướng ngại vật khác nhau. Việc kết nối phải liên tục, không cần nhấc tay. Bạn không thể vẽ dọc theo cùng một đường hai lần. Trò chơi có bốn phần, mỗi phần có hàng chục cấp độ. Đương nhiên, phần thứ tư khó hơn phần đầu rất nhiều. Nhưng bạn sẽ không thể chuyển sang nó; các phần, chẳng hạn như cấp độ, phải được hoàn thành từng phần một trong Brain Line Connect.