Người anh hùng của trò chơi Dark Dino Runner là một con khủng long pixel. Anh ta muốn tìm nơi trú ẩn để sống sót qua Kỷ băng hà. Đáng tin cậy nhất là những hang động trên núi, nhưng bạn cần phải đến được chúng. Con đường nằm xuyên qua sa mạc, nhưng vào ban ngày ở đó có cái nóng khủng khiếp và con khủng long sẽ không thể chạy dù chỉ một km mà không gục ngã vì kiệt sức. Vì vậy, người anh hùng quyết định tiếp tục cuộc hành trình vào ban đêm, khi trời chưa nắng. Sa mạc về đêm rất lạnh nên khủng long sẽ chạy nhanh hơn để giữ ấm, và bạn sẽ giúp nó nhảy qua những cây xương rồng khổng lồ sẽ bắt gặp trên đường đi trong Dark Dino Runner.
