Các nhà khoa học trên khắp thế giới, mỗi người trong lĩnh vực riêng của mình, đang làm việc không mệt mỏi để thực hiện một số khám phá vĩ đại. Tuy nhiên, chỉ một số ít thành công; hầu hết các nghiên cứu vẫn còn dang dở. Nguồn tài trợ của họ bị đóng do thiếu triển vọng hoặc thất bại trong các thử nghiệm. Các nhân vật nữ chính của trò chơi Bí ẩn thư viện là sinh viên của một trong những trường đại học nổi tiếng. Amelia, Candace và Ava đam mê khoa học và muốn trở nên nổi tiếng. Họ được biết rằng một trong những giáo sư tại trường của họ đang tham gia vào một nghiên cứu khoa học nghiêm túc, nhưng dự án đã bị đóng cửa và vị giáo sư đó đã biến mất. Các cô gái muốn tìm tác phẩm của anh ấy trong thư viện trường đại học và nghiên cứu chúng. Giúp đỡ các cô gái trong Thư viện bí ẩn.
