Cuộc sống ở Vương quốc Nấm một lần nữa bị gián đoạn bởi vụ bắt cóc Công chúa Peach. Bowser không thể bình tĩnh và không thể nghĩ ra điều gì mới ngoại trừ việc bắt cóc công chúa. Mario trong Super Mario Flash sẽ thực hiện hành trình cứu một cô gái, đây không phải là lần đầu tiên đối với anh ấy và bạn có lý do để một lần nữa trở thành người tham gia vào một cuộc phiêu lưu thú vị. Hướng dẫn Mario băng qua các nền tảng, nhảy lên những cây nấm và rùa độc ác. Tìm loại nấm ma thuật khổng lồ sẽ biến người thợ sửa ống nước thành Super Mario. Ngoài ra, bạn có thể tìm thấy một bông hoa ma thuật trên nền tảng, nó cũng sẽ tăng sức mạnh cho anh hùng và tiếp thêm sức mạnh cho anh ta trong Super Mario Flash.
