Trong khi điều tra một vụ án khác, anh hùng của trò chơi Mystery Subway Escape 2, thám tử Michael, đã tìm thấy một lối vào bí mật dẫn đến các ga tàu điện ngầm bị bỏ hoang. Rất ít người biết về họ. Chúng ta không nói về các đường hầm kỹ thuật, mà là về các trạm đã từng hoạt động nhưng vì lý do này hay lý do khác đã bị đóng cửa và không có người nhận. Có một số thiết bị, đồ vật còn sót lại ở đó nhưng không thể vứt đi vì có thể chúng vẫn còn hữu ích. Ở đó, anh hùng của chúng ta sẽ tìm kiếm bằng chứng và sau đó là lối thoát, vì cánh cửa nơi anh ta bước vào đã bị ai đó khóa trong Mystery Subway Escape 2. Rõ ràng họ đang theo dõi anh ta và quyết định loại bỏ vị thám tử tỉ mỉ.
