Những con quái vật khổng lồ sẽ lần lượt thức dậy và tấn công vương quốc của bạn trong Shoot Run: Monster Hunting. Nhưng bạn đã chuẩn bị sẵn sàng cho việc này nên đội phản ứng nhanh đã lên đạn sẵn. Nhưng số lượng máy bay chiến đấu quá ít để có thể đánh bại quái vật nên khi tiến về phía trước, bạn phải đi qua cánh cổng màu xanh lá cây và tham gia cùng tất cả các nhóm máy bay chiến đấu có trang bị tương tự như của bạn. Bạn sẽ phải chiến đấu với những người còn lại, và điều này sẽ làm giảm tiềm năng của đội bạn. Ngoài ra, bạn cần tránh các chướng ngại vật để không bị mất chiến binh. Trận chiến cuối cùng trong Shoot Run: Monster Hunting sẽ diễn ra ở vạch đích.
