Người anh hùng của trò chơi A Hollow Heartbeat Escape có cơ hội chìm vào giấc ngủ trên chiếc giường ấm cúng của mình và thức dậy trong một túp lều cũ kỹ lộng gió. Anh mở mắt ra và ngay lập tức nhận ra mình không có ở nhà. Làm thế nào một phong trào thần bí như vậy xảy ra vẫn còn phải tìm hiểu, nhưng bây giờ chúng ta cần phải thoát ra. Bên trong túp lều gần như trống rỗng ngoại trừ một cái bàn, một chiếc giường và một vài chiếc kệ. Vượt ra ngoài ngưỡng cửa đang mở, người anh hùng phát hiện ra rằng túp lều nằm trên một hòn đảo và điều này khiến tình hình của anh trở nên trầm trọng hơn. Nhưng không cần phải tuyệt vọng. Thu thập mọi thứ có thể hữu ích và tìm ra giải pháp cho vấn đề trong A Hollow Heartbeat Escape. Có một âm thanh liên tục phát ra từ đâu đó giống như nhịp tim và có chút đáng sợ.