Ninja đã nghiên cứu trong một thời gian dài và cuối cùng đã đến lúc sử dụng kiến thức và kỹ năng của mình trong Dark Ninja Hanjo. Sensei thông báo với học trò của mình rằng ông đã sẵn sàng bắt đầu cuộc sống tự lập, nhưng đồng thời, người học trò cũ được yêu cầu thực hiện một sứ mệnh vô cùng quan trọng là khôi phục lại thành phố. Nhiệm vụ sẽ cho thấy người anh hùng đã chuẩn bị như thế nào. Thành phố bị bóng tối nuốt chửng; để giải phóng nó, bạn sẽ phải chiến đấu với lũ quỷ hoặc những chiến binh bị ám. Ninja sẽ có thể thể hiện khả năng của mình. Nhận hướng dẫn từ giáo viên; ở giai đoạn đầu, anh ấy sẽ đồng hành cùng học trò của mình, nhưng sau đó bạn cần phải tự mình hành động trong Dark Ninja Hanjo.
