Mafia ở Nhật Bản được gọi là Yakuza và là một tổ chức tội phạm rất nghiêm trọng, hoạt động ngoài vòng pháp luật theo những quy tắc riêng của tổ chức này. Nếu cô ấy cần thứ gì đó, cô ấy sẽ lấy nó, bất kể cuộc sống và nhu cầu của những người cản đường họ. Samurai vs Yakuza giới thiệu cho bạn một samurai muốn cứu ngôi làng của mình. Bọn cướp thích cô vì ngôi đền cổ nằm trên lãnh thổ của cô. Trong ngôi đền này có một số bức tượng nhỏ có giá trị mà người đứng đầu Yakuza muốn sở hữu. Anh hùng của chúng ta đã cản đường cả một đội quân mafia và với sự giúp đỡ của bạn, sẽ đẩy lùi cuộc tấn công của những tên cướp áo đen trong Samurai vs Yakuza.
