Một anh chàng có siêu năng lực của Người Nhện đã đi phục vụ trong cơ quan tình báo nước ngoài và trở thành đặc vụ giống như James Bond. Nhưng anh ta không cần vũ khí; anh ta đối phó với kẻ thù của mình. Thứ gì đó thả một mạng lưới ra khỏi mũi tàu và trói kẻ thù vào đó, khiến hắn hoàn toàn bất động. Trong Mutant Assassin 3D, bạn sẽ giúp anh hùng hoàn thành nhiệm vụ bằng cách loại bỏ các đặc vụ kẻ thù không mong muốn. Cơ chế tiêu diệt rất đơn giản: bạn nhắm vòng tròn màu xanh lá cây vào nhân vật phản diện màu đỏ tiếp theo và thả mạng ra. Nó quấn quanh cơ thể và kẻ thù bị đánh bại. Tương tự như vậy, bạn cần phải thu thập hàng đống tiền, chúng phải được thu thập để hoàn thành cấp độ trong Mutant Assassin 3D.
