Người hùng của game Murder Case Clue 3D là một cậu bé tên Tom rất yêu thích truyện trinh thám. Anh ấy đã đọc tất cả các tác phẩm về Sherlock Holmes và Hercule Poirot và biết chính xác mình sẽ trở thành người như thế nào khi lớn lên. Anh chàng từ lâu đã mơ ước được điều tra một tội ác có thật. Nhưng ai sẽ cho phép anh, bởi vì anh vẫn còn là một thiếu niên. Tuy nhiên, cuộc sống đôi khi mang đến những điều bất ngờ. Khi bạn bè mời cậu bé đến nghỉ cuối tuần cùng họ tại một ngôi nhà ở nông thôn, cậu không biết mọi chuyện sẽ kết thúc như thế nào. Đến địa chỉ đã chỉ định và tìm được ngôi nhà mong muốn, anh hùng thấy nó trống rỗng. Tất cả bạn bè rời đi để khai báo với cảnh sát vì một vụ án mạng đã xảy ra trong nhà. Khi không có ai ở đó, cậu bé quyết định điều tra vụ việc. Sẽ không ai ngăn cản anh ta tìm kiếm bằng chứng và bạn sẽ giúp nhanh chóng xác định sự thật trong Murder Case Clue 3D.
