Trong phần thứ hai của game Pandemia 2, bạn sẽ tiếp tục sứ mệnh tiêu diệt toàn bộ nhân loại như một đại dịch chết người. Trò chơi bắt đầu với việc bạn chọn loại bệnh: virus, vi khuẩn hoặc ký sinh trùng. Sau đó, bạn sẽ chọn điểm bắt đầu cho sự lây nhiễm của mình. Từ đó bạn sẽ phải truyền bệnh của mình cho phần còn lại của thế giới. Bằng cách lan rộng khắp thế giới, bạn có thể cải thiện căn bệnh của mình và khiến mọi người không mắc phải nó. Liên tục sửa đổi virus của bạn để nhân loại không thể tìm ra cách chữa trị nó. Vì vậy, dần dần bạn sẽ tiêu diệt toàn bộ dân số trên hành tinh trong game Pandemia 2
