Một số nguyên mẫu đã được tạo ra trong Ma trận, và một trong số đó, số 09435, hóa ra là thành công nhất. Đây là một cậu bé kỹ thuật số bắt đầu phát triển một cách nhanh chóng một cách đáng kinh ngạc và chẳng mấy chốc cậu muốn khám phá thế giới bên ngoài. Anh ta tìm cách rời khỏi ma trận và lên đường đến với Prototype Guy. Những người sáng tạo quyết định không can thiệp vào anh chàng, họ yêu cầu bạn giúp anh ta thích nghi, vượt qua các chướng ngại vật. Nó là cần thiết để nhảy qua gai nhọn và robot vuông. Nhân tiện, rô-bốt có thể bị phá hủy nếu bạn trực tiếp nhảy lên trên chúng. Nếu không vượt qua được chướng ngại vật, anh hùng sẽ bắt đầu lại từ đầu trong Prototype Guy.
