Ngày tận thế có thể xảy ra vì nhiều lý do, trong trò chơi Apocalypse Run, bạn sẽ giúp đỡ người anh hùng ở trung tâm của ngày tận thế xuất hiện do sự nổi dậy của máy móc. Trí tuệ nhân tạo, sự xuất hiện của nó đã được chờ đợi và ngưỡng mộ vì sự phát triển nhanh chóng của nó, đã quyết định rằng bây giờ nó không cần con người. Hơn nữa, chúng thậm chí còn có hại, bởi vì chúng làm mọi thứ sai, thường cư xử phi lý, phá hủy môi trường và giết chết đồng loại của chúng. Một niềm tin mạnh mẽ đã hình thành trong tâm trí cỗ máy rằng con người là kẻ ác chính trên hành tinh và phải bị tiêu diệt. Do đó, sự hủy diệt có hệ thống của loài người bắt đầu và người anh hùng của Apocalypse Run muốn tránh điều này và bạn sẽ giúp anh ta chiến đấu với lũ rô bốt.
