Một ninja dũng cảm tên là Kyoto phải trèo lên nóc một tòa nhà cao tầng. Bạn trong game Ninja Up sẽ giúp nhân vật trong cuộc phiêu lưu này. Trước mặt bạn, ninja của bạn đang đứng trên mặt đất sẽ hiển thị trên màn hình. Khi có tín hiệu, nhân vật của bạn sẽ bắt đầu nhảy lên một độ cao nhất định. Bạn sẽ cần dùng chuột vẽ một đường bên dưới ninja. Ngay khi bạn vẽ nó, một sợi dây cao su đặc biệt sẽ xuất hiện. Anh hùng của bạn, sau khi ngã vào nó, sẽ nhảy lên và bay lên. Vì vậy, bằng cách kéo những sợi dây này trong trò chơi Ninja Up, bạn sẽ dần dần giúp anh hùng leo lên nóc tòa nhà. Đồng thời, trên đường đi, bạn sẽ phải giúp ninja thu thập các vật phẩm treo lơ lửng trên không ở nhiều nơi khác nhau trên sân chơi. Đối với lựa chọn của họ trong trò chơi Ninja Up sẽ cho bạn điểm.
