Theo hướng của một khu định cư nhỏ ở Nhật Bản, một toán cướp đang di chuyển. Tuy nhiên, họ giết người dân địa phương và cướp bóc ngôi làng. Một chiến binh ninja dũng cảm đã đứng lên bảo vệ người dân địa phương. Bạn trong game Phase Ninja sẽ giúp người hùng chiến đấu chống lại những kẻ ác. Ở phía trước của bạn, trên màn hình sẽ hiển thị khu vực mà nhân vật của bạn sẽ được đặt. Một đơn vị kẻ thù sẽ di chuyển theo hướng của anh ta. Với sự trợ giúp của nhiều loại vũ khí ném khác nhau và cung tên, bạn có thể tiêu diệt đối thủ ở khoảng cách xa. Khi kẻ thù đến gần, bạn rút kiếm và cận chiến. Bằng cách tấn công bằng một thanh kiếm vào kẻ thù, bạn sẽ tiêu diệt chúng và nhận được điểm cho nó. Sau cái chết của kẻ thù, bạn sẽ có thể nhặt được những chiến lợi phẩm rơi ra từ chúng.
