Sâu trong rừng rậm sống một chú khỉ đột tên Donkey luôn giúp đỡ bạn bè của mình. Một lần nhân vật của chúng ta quyết định đi thăm họ hàng xa của mình, những người sống ở phía bên kia của khu rừng. Bạn trong trò chơi Super Donkey Kong 99 sẽ phải giúp người hùng trong cuộc phiêu lưu này. Nhân vật của bạn sẽ hiển thị trên màn hình trước mặt bạn, dưới sự hướng dẫn của bạn, nhân vật này sẽ di chuyển về phía trước dọc theo con đường, tăng dần tốc độ. Trên đường đi, nhân vật của bạn sẽ phải thu thập chuối và tiền vàng nằm rải rác khắp nơi. Anh ta cũng sẽ phải vượt qua nhiều cạm bẫy và chướng ngại vật khác nhau sẽ gặp phải trên đường đi của mình.
