Trong game Atom War bạn sẽ đến thế giới nơi sinh sống của những hạt nhỏ nhất mà chúng ta gọi là nguyên tử. Một cuộc chiến đã bắt đầu trên thế giới này và bạn sẽ tham gia vào nó. Bạn sẽ thấy nguyên tử màu đỏ của mình trên màn hình trước mặt. Nó sẽ có một kích thước nhất định và một trường lực nhỏ sẽ có thể nhìn thấy xung quanh nó. Xung quanh nguyên tử của bạn, các hạt khác sẽ bắt đầu xuất hiện với màu xanh lam. Bạn sẽ phải kiểm tra cẩn thận chúng và tìm những cái nhỏ hơn kích thước nhân vật của bạn. Điều này có nghĩa là những hạt này yếu hơn nguyên tử của bạn. Bạn sẽ phải đuổi theo chúng và sau đó tấn công. Bằng cách phá hủy nguyên tử màu xanh, bạn sẽ nhận được điểm, và nhân vật của bạn sẽ trở nên lớn hơn và mạnh hơn.
