Bất cứ khi nào một số vi rút hoặc chất không mong muốn khác cố gắng xâm nhập vào cơ thể bạn và thiết lập các quy tắc riêng của nó ở đó, hệ thống miễn dịch sẽ bắt đầu chống lại. Trong game Hệ thống miễn nhiễm Command, bạn sẽ được tận mắt chứng kiến điều này và thậm chí có thể giúp hệ thống đẩy lùi các cuộc tấn công từ bên ngoài. Thời gian này, cơ thể đang phải chịu sự tấn công dữ dội của nhiều loại virus khác nhau. Chúng xuất hiện bên phải, bên trái, bay từ trên cao xuống. Bạn phải nhấp vào các yếu tố bên dưới để chúng giải phóng các kháng thể đối với virus và vi khuẩn sẽ tiêu diệt những kẻ phản diện và chúng sẽ không thể đạt được mục tiêu - tiêu diệt trong Lệnh hệ thống miễn dịch.
