Trong chiến tranh, kẻ thù chủ yếu cố gắng phá hủy các cơ sở quân sự: sân bay, các đơn vị quân đội, kho đạn dược. Trong Atomic Fighter 2D, bạn sẽ điều khiển một chiếc máy bay chiến đấu để bảo vệ bầu trời phía trên một căn cứ quân sự. Một phi đội máy bay tấn công và máy bay ném bom của đối phương đã tiếp cận nó. Nhiệm vụ của bạn là tổ chức phòng thủ và chủ động tấn công kẻ thù trên toàn mặt trận. Di chuyển máy bay chiến đấu sang trái hoặc phải, tránh xa các cuộc pháo kích về phía máy bay địch đang bay và tự mình tấn công và khai hỏa, tiêu diệt từng máy bay một. Thu thập nhiều phần thưởng khác nhau khi đang bay, chúng sẽ giúp bạn đối phó với số lượng lớn kẻ thù đang tiến lên trong Atomic Fighter 2D.
