Mọi thứ thay đổi theo thời gian và thế giới của Mario cũng thay đổi. Nếu trước đó tất cả kẻ thù đều được biết đến và không có nhiều như vậy, thì giờ đây chúng đã trở nên ẩn và nguy hiểm hơn. Trong Super Mario Vs Mafia, anh chàng thợ sửa ống nước dũng cảm của chúng ta sẽ phải đối đầu với một nhóm mafia lớn. Bề ngoài là những kẻ rắn rỏi mặc vest đen, nhưng thực chất lại là những tên cướp thực sự, hơn nữa còn tàn ác và nhẫn tâm. Giúp anh hùng đối phó với tất cả những tên tội phạm. Bạn có thể sẽ thấy một vũ khí nhỏ mạnh mẽ trong tay của anh hùng lần đầu tiên. Lượng đạn dự trữ ở mỗi cấp sẽ thay đổi tùy theo tình hình, nhưng sẽ luôn ít hơn mức cần thiết. Vì vậy, mọi phát bắn đều phải đạt mục tiêu. Với một viên đạn, người anh hùng có thể tiêu diệt nhiều tên cướp cùng lúc nếu chúng ở trên cùng một làn đường hoặc với sự trợ giúp của một tên cướp trong Super Mario Vs Mafia.
