Có đủ nhân vật phản diện ở Gotham, và ngay sau khi Batman xử lý được một kẻ xấu, một kẻ mới, sáng tạo hơn và nguy hiểm hơn sẽ xuất hiện. Lần này trong Batman Color Fall, một số thiên tài vô danh đã xuất hiện, người đã quyết định phá hủy con sông chảy qua thành phố. Anh ta dự định đổ hàng tấn chất lỏng nhiều màu độc hại xuống nước, thứ sẽ giết chết tất cả các sinh vật sống, và một đầm lầy sẽ xuất hiện thay vì sông. Chất lỏng độc hại đã được đổ vào các bể chứa nằm ở những nơi khác nhau phía trên sông. Batman đã cố gắng tìm ra thiên tài này và đối phó với anh ta, nhưng bây giờ anh ta cần phải hút hết chất lỏng màu và đưa nó càng xa thành phố càng tốt. Lái thuyền và xả dung dịch bằng cách mở các bộ giảm chấn cần thiết. Màu của chất lỏng phải phù hợp với màu của chiếc thuyền trong Batman Color Fall.
