Một cậu bé Kyoto tham gia mệnh lệnh bí mật của các chiến binh ninja. Anh ta được gửi đến vùng núi trong một ngôi đền đặc biệt, nơi có Học viện, nơi đào tạo tất cả các cuộc chiến tranh khởi đầu. Hôm nay anh hùng của chúng ta có một buổi huấn luyện và bạn sẽ giúp anh ta điều khiển anh ta trong trò chơi Học viện Ninja. Ở phía trước của bạn trên màn hình, bạn sẽ thấy nhân vật của bạn, người đang đứng trong sân của ngôi đền. Một bảng điều khiển đặc biệt với các phím điều khiển sẽ nằm bên dưới nó. Với sự giúp đỡ của cô ấy, bạn sẽ chỉ đạo các hành động của anh hùng của bạn. Các đối tượng sẽ xuất hiện trước mặt anh ta từ nhiều phía. Bạn dẫn đầu anh hùng sẽ phải tung ra những đòn chính xác vào họ với sự trợ giúp của tay hoặc chân. Mỗi cú đánh chính xác của bạn sẽ mang lại cho bạn một số điểm nhất định. Sau khi thực hành các cú đánh, bạn sẽ chuyển sang tập các kỹ thuật khác nhau.
