Chiến tranh nổ ra giữa hai trật tự ninja. Bạn trong game Ninja Versus Ninja sẽ tham gia vào cuộc đối đầu này. Khi bắt đầu trò chơi, bạn sẽ phải chọn nhân vật của mình. Theo đó, bạn sẽ được cung cấp vũ khí và đạn dược. Sau đó, anh hùng của bạn sẽ ở một khu vực nhất định. Đối thủ của bạn sẽ ở đầu đối diện của địa điểm. Theo tín hiệu, bạn sẽ phải di chuyển theo hướng của anh ta. Ngay khi bạn đến gần, cuộc đấu tay đôi bắt đầu. Bạn có thể tấn công bằng kiếm của mình hoặc sử dụng vũ khí ném. Nhiệm vụ của bạn là tiêu diệt kẻ thù càng nhanh càng tốt và nhận điểm cho nó. Anh ta cũng sẽ tấn công bạn. Bạn sẽ phải né những cú đánh của anh ta hoặc chặn chúng bằng thanh kiếm của mình.
