Thế giới của cư dân thạch rất rộng lớn và đa dạng, và trong số họ có một nhóm các chiến binh ninja. Chúng khác với các loại thạch thông thường có băng đen, trong khi bản thân chúng có thể có bất kỳ màu nào. Bang hội này cũng thách thức bạn trong trò chơi Jelly Ninja. Bạn chỉ cần chọn chế độ trò chơi: trong một thời gian hoặc chống lại lỗi. Chế độ hẹn giờ giả sử bạn chơi một phút, nhưng nó có thể kéo dài nếu bạn bắt đồng hồ báo thức bay. Trong chế độ không có lỗi, bạn sẽ chơi cho đến khi thang bên phải chuyển sang màu đỏ hoàn toàn và điều này sẽ xảy ra nếu bạn bỏ lỡ một số lượng thạch nhất định trước khi bạn có thể cắt chúng. Có rất nhiều ninja thạch không thể bị đánh bại bằng thanh kiếm.
