Trong một thiên hà xa xôi, một cuộc chiến nổ ra giữa hai chủng tộc ngoài hành tinh. Bạn trong trò chơi Clash Of Aliens tham gia một trong số họ và sẽ chỉ huy quân đội. Hạm đội của bạn phải tham gia trận chiến chống lại phi đội tàu địch. Bạn sẽ thấy con tàu chính của bạn trước mặt bạn trên màn hình. Dưới nó sẽ là bảng điều khiển. Với nó, bạn sẽ đưa phi công của mình vào trận chiến trên tàu của họ. Họ tấn công kẻ thù sẽ tiêu diệt chúng và vì điều này họ sẽ cho bạn điểm.
