Trong trò chơi Ninja vs Ninja mới, bạn sẽ đến thế giới nơi mọi người sống trong hộp. Có một cuộc chiến giữa hai mệnh lệnh ninja và bạn sẽ tham gia một trong số họ. Nhân vật của bạn là một người đàn ông hộp đỏ. Anh ta sẽ ở trong căn phòng nơi đối thủ của anh ta màu xanh. Giữa chúng sẽ được đặt nhiều chướng ngại vật và bẫy. Bạn sẽ phải hướng dẫn nhân vật của mình vượt qua tất cả những nguy hiểm này và tấn công đối thủ. Sử dụng nhiều vũ khí ném khác nhau, bạn tiêu diệt kẻ thù và nhận điểm cho nó.
