Nhật Bản cổ đại, có những ngôi đền đặc biệt, trong đó họ đã chuẩn bị những cuộc chiến như ninja. Bạn trong trò chơi Ninja Runs 3d đi đến một trong số họ và giúp một ninja trải qua nhiều loại hình đào tạo khác nhau. Hôm nay, anh hùng của bạn sẽ phải chạy dọc theo một chướng ngại vật được xây dựng đặc biệt cùng với các ninja khác và về đích đầu tiên. Bạn sẽ quản lý hành động của anh ấy. Bạn phải nhảy qua nhiều chướng ngại vật, leo lên nhiều chướng ngại vật khác nhau và thực hiện nhiều hành động khác sẽ giúp ninja của bạn giành chiến thắng trong cuộc thi.
