Trong trò chơi Mr Ninja Fighter mới, bạn sẽ đến Nhật Bản cổ đại và sẽ giúp các ninja dũng cảm chiến đấu chống lại các băng đảng cướp. Nhân vật của bạn sẽ phải đến các tỉnh xa của đất nước và tiêu diệt tất cả các băng nhóm tội phạm ở đó. Trước khi bạn xuất hiện trên màn hình, nhân vật của bạn được trang bị một thanh kiếm sẽ được nhìn thấy. Anh ta sẽ chạy về phía trước dọc theo con đường. Trên đường đi của anh ta sẽ rơi xuống nhiều điểm khác nhau trong trái đất và bẫy. Bạn sẽ phải sử dụng các phím điều khiển để làm cho nhân vật của bạn nhảy qua tất cả. Khi gặp kẻ thù, tấn công anh ta bằng thanh kiếm của bạn và tiêu diệt kẻ thù.
