Bất cứ điều gì xảy ra với việc loại bỏ họ, một lực lượng đặc nhiệm đặc biệt đã được gửi đến nhiệm vụ tiêu diệt bọn tội phạm. Bạn trong game Counter Terrorist Strike sẽ có thể tham gia vào cuộc chiến này. Trong trò chơi có một sự lựa chọn mà bên bạn sẽ chiến đấu.