Ở Nhật Bản cổ đại, có một cuộc chiến liên tục giữa hai chiến binh - samurai và ninja. Bạn trong game Ninja Runner sẽ chiến đấu bên phe Order of Ninjas. Nhân vật của bạn đã nhận được lệnh từ người đứng đầu của trật tự để tiến hành trinh sát trong một khu rừng, nơi các đoàn thể samurai có thể trốn thoát. Anh hùng của bạn dũng cảm lao vào rừng và chạy dọc theo con đường. Nhiều nguy hiểm và bẫy đang chờ anh ta trên đường. Bạn kiểm soát nhân vật của bạn sẽ phải làm cho anh ta nhảy và không rơi vào những cái bẫy. Nếu bạn gặp binh lính địch, bạn sẽ phải tiêu diệt tất cả chúng với sự giúp đỡ của một thanh kiếm. Chỉ cần thu thập các vật phẩm khác nhau rơi vào con đường của mình.
