Trong số ninja, cũng như trong số những người bình thường, những kẻ xấu và anh hùng trong trò chơi Ninja Fighter đến cùng họ và phải chiến đấu. Anh ta không phải là một mình, có những trợ lý tự nguyện và họ sẽ đến. Nhưng hy vọng chính cho anh hùng, mà bạn sẽ quản lý. Anh ta mạnh mẽ hơn, xảo quyệt hơn, và mọi người khác sẽ theo anh ta. Tìm kiếm kẻ thù và tiêu diệt chúng. Họ mạnh mẽ và có những bí mật giống như ninja tiên tiến nhất. Nhưng điểm yếu của họ là họ là ác và vô kỷ luật, và tốt luôn vượt qua được điều ác. Quản lý mũi tên được vẽ ở cuối màn hình nếu bạn đang chơi trên thiết bị màn hình cảm ứng. Nếu có bàn phím, sử dụng các phím ASDW.
